A coordenação institucional é selecionada pelo Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CEPE) do IF Sudeste MG, após análise do atendimento aos requisitos da Portaria e Edital que regem o PIBID e de sua trajetória na formação de professores, enquanto as coordenações de área são selecionadas pelos colegiados dos cursos de licenciatura, mediante análise, também do atendimento aos requisitos do programa e trajetória na formação de professores.